Obowiązkowy Krajowy System e-Faktur miał zwiększyć bezpieczeństwo rozliczeń VAT oraz zapewnić jednolity standard dokumentów cyfrowych dokumentujących transakcje objęte opodatkowaniem VAT. Wraz z nowymi regulacjami pojawiły się jednak również pytania dotyczące sytuacji szczególnych, w tym wystawiania faktur w trybie offline24 oraz w okresie niedostępności Systemu. Jedna z najważniejszych wątpliwości z tym związanych dotyczy momentu, od którego nabywca może odliczyć VAT z faktury otrzymanej poza KSeF wbrew obowiązkowi wystawienia faktury w Systemie spoczywającym na dostawcy.
Na tym tle zapadł wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z 5 sierpnia 2026 r. (I SA/Po 725/26), który jest jednym z pierwszych rozstrzygnięć wydanych przez sądy administracyjne w wyniku skarg podatników na interpretacje indywidualne Dyrektora KIS dotyczące przepisów regulujących KSeF.
Co wynikało z interpretacji?
Spór sądowy rozpoczął się od wniosku o interpretację indywidualną złożonego przez podatnika prowadzącego działalność handlową. Spółka chciała potwierdzić, że faktura wystawiona przez dostawcę zgodnie ze strukturą logiczną FA(3) w trybie offline24 lub w okresie niedostępności Systemu, a następnie przekazana spółce poza KSeF, daje prawo do odliczenia VAT już w momencie jej faktycznego otrzymania.
Dyrektor KIS nie podzielił jednak tego stanowiska. W wydanej interpretacji uznał, że w przypadku faktur wystawionych w trybie offline24 datą ich otrzymania jest co do zasady moment nadania numeru identyfikującego w KSeF, zgodnie z art. 106nda ust. 11 ustawy o VAT. Dopiero od tego momentu, zdaniem organu, nabywca spełnia warunek posiadania faktury wymagany do realizacji prawa do odliczenia podatku naliczonego.
KSeF po pierwszych miesiącach funkcjonowania
Praktyczne problemy, interpretacje i zmiany od 2027 r. — dla działów księgowych firm dealerskich i leasingowych.
W praktyce podejście Dyrektora KIS oznacza, że nawet jeżeli podatnik otrzymał dokument papierowo lub elektronicznie poza KSeF i dysponował nim wcześniej, nie mógł uwzględnić VAT naliczonego do czasu nadania fakturze numeru KSeF w Systemie.
Co istotne, Dyrektor KIS przyznawał jednocześnie, że gdyby dostawca w ogóle nie przesłał faktury do KSeF, spółka mogłaby odliczyć VAT na podstawie faktury otrzymanej poza Systemem – już w okresie rozliczeniowym jej faktycznego otrzymania. Jest to niekonsekwencja, która stawia w korzystniejszej pozycji podatnika VAT, którego kontrahent w ogóle nie spełnił obowiązku wystawienia faktury z użyciem KSeF niż tego, którego dostawca przesłał fakturę do KSeF z opóźnieniem.
Co orzekł WSA?
W wyniku zaskarżenia wydanej interpretacji przez spółkę WSA w Poznaniu uchylił niekorzystne rozstrzygnięcie fiskusa w całości, uznając argumentację Dyrektora KIS za nieprzekonującą, a stanowisko – za nadmiernie formalistyczne.
W ocenie WSA przepisy dotyczące prawa do odliczenia VAT należy interpretować przede wszystkim przez pryzmat materialnych przesłanek odliczenia. Kluczowe znaczenie mają zatem dwa warunki: powstanie obowiązku podatkowego po stronie sprzedawcy oraz otrzymanie faktury przez nabywcę. W tym kontekście warto zwrócić uwagę w szczególności na art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT, który nie uzależnia prawa do odliczenia od tego, czy fakturze został już przydzielony numer KSeF.
WSA w Poznaniu podkreślił, że nadanie numeru identyfikującego w KSeF jest zdarzeniem technicznym. Nie powinno ono wpływać na moment powstania prawa do odliczenia, jeżeli podatnik posiada już prawidłowo wystawioną fakturę i jednocześnie spełnione są przesłanki materialne wynikające z ustawy o VAT.
Sąd zwrócił również uwagę na wewnętrzną sprzeczność stanowiska organu podatkowego. Z jednej strony Dyrektor KIS wymagał oczekiwania na nadanie numeru w KSeF, gdy wystawca faktury działał zgodnie z przepisami. Z drugiej strony dopuszczał wcześniejsze odliczenie VAT, gdy wystawca nie realizował obowiązków związanych z e-fakturowaniem. W efekcie nabywca współpracujący z nierzetelnym kontrahentem znajdowałby się w korzystniejszej sytuacji niż podatnik otrzymujący fakturę od kontrahenta działającego zgodnie z przepisami.
Zdaniem WSA takie podejście narusza zasadę neutralności VAT oraz zasadę proporcjonalności wynikające z Dyrektywy VAT. Nabywca nie ma bowiem wpływu na termin przesłania dokumentu przez wystawcę do KSeF ani na moment przydzielenia numeru identyfikującego przez System. Nie powinien więc ponosić negatywnych konsekwencji okoliczności, które pozostają całkowicie poza jego kontrolą. WSA zauważył także, że Dyrektor KIS nie wyjaśnił, jak długo spółka ma oczekiwać na realizację obowiązku przesłania faktury wystawionej w trybie offline24 do KSeF, zanim będzie mogła przyjąć, że dostawca w ogóle nie dopełnił obowiązków dotyczących wystawiania faktur w KSeF.
Otrzymanie faktury poza KSeF – o czym nadal należy pamiętać?
Wyrok WSA w Poznaniu stanowi istotny argument na rzecz stanowiska, że faktura wystawiona w trybie offline24 może uprawniać do odliczenia VAT już w okresie jej faktycznego otrzymania przez nabywcę, niezależnie od późniejszego przydzielenia numeru KSeF. Dotyczy to zarówno dokumentów przekazywanych poza Systemem elektronicznie, np. na adres e-mail, jak i papierowo.
W praktyce oznacza to, że podatnicy nie muszą automatycznie odkładać odliczenia VAT tylko dlatego, że faktura oczekuje jeszcze na nadanie numeru w KSeF. Jeżeli zostały spełnione ustawowe przesłanki odliczenia, a podatnik dysponuje dokumentem potwierdzającym transakcję, nadanie numeru KSeF nie powinno samo w sobie blokować możliwości rozliczenia podatku naliczonego.
Warto jednak pamiętać, że wyrok został wydany w indywidualnej sprawie interpretacyjnej, a zastosowanie się do wyroku nie oznacza ochrony dla innych podatników. Ponadto orzeczenie nie jest prawomocne – Dyrektor KIS zapewne wniesie skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Do rozważania pozostaje złożenie własnego wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej prawa podatkowego. Ponadto wskazane jest dokumentowanie dat otrzymania faktur wpływających poza KSeF oraz weryfikowanie, czy nie są one innym egzemplarzem faktury przesłanej w formacie elektronicznym, papierowym czy też w KSeF.
***
Wyrok WSA w Poznaniu jest jednym z pierwszych tak wyraźnych sygnałów, że formalne aspekty funkcjonowania KSeF nie powinny ograniczać podstawowego prawa podatnika do odliczenia VAT. Sąd opowiedział się za podejściem opartym na ekonomicznej treści transakcji i zasadzie neutralności podatku, wskazując, że techniczne nadanie numeru KSeF nie może przesądzać o momencie realizacji prawa do odliczenia VAT. Dla przedsiębiorców otrzymujących faktury wystawione w trybie offline24 może to oznaczać większą elastyczność w rozliczeniach i ograniczenie ryzyka nieuzasadnionego przesuwania odliczeń na późniejsze okresy.
Autorzy:
Marek Urbaniak
Adwokat, starszy konsultant w Gekko Taxens Doradztwo Podatkowe.
Specjalizuje się w zagadnieniach związanych z VAT oraz technologią podatkową. Zajmował się doradztwem podatkowym w polskich i międzynarodowych kancelariach i firmach konsultingowych, w tym należących do tzw. wielkiej czwórki. Uczestniczył w wielu projektach obejmujących wdrożenia cyfrowego raportowania podatkowego, doradztwo związane z międzynarodowym obrotem towarowym oraz dla branż automotive i energetycznej.
W Gekko Taxens Doradztwo Podatkowe zajmuje się głównie podatkiem od towarów i usług oraz bieżącym doradztwem prawnym.
Absolwent Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.
